Bachelor-Modul Algorithmen und Modelle der Bioinformatik
Vorlesung, Übung, Praktikum, siehe qis
qis: Algorithmen und Modelle der Bioinformatik
Anmeldung
Bitte füllen Sie bitte das Anmeldeformular in der ersten Verasnstaltung aus.
Anmerkung: Bitte richten Sie sich ein Alias für Ihre studentische E-Mail Adresse ein.
Vorlesung
Der Vorlesungsstoff insbesondere zu String-Algorithmen lehnt sich eng an das Buch „Introduction to Algorithms“ von Corman, Leiserson, Rivest, (Stein), MIT Press, (frei verfügbar unter Introduction to Algorithms).
Übungen
Es gibt die Vorlesung begleitende Übungsblätter, die Sie lösen und dann gemeinsam mit den Tutoren besprechen. Sowohl die Übungen als auch das Praktikum wird von Tutoren betreut.
Praktikum
Im Praktikum implementieren Sie Algorithmen, die in der Vorlesung behandelt wurde. Die Implementierungen sind in kleine bioinformatische Aufgaben eingebettet. Die korrekte Funktion der Algorithmen und die korrekte Lösung der Aufgaben wird von den Tutoren abgenommen. Kommentare des Quesscodes sind Pflicht. Es besteht genau einmal die Möglichkeit die Aufgaben nachzubessern.
Der erfolgreiche Abschluss des Praktikums ist Prüfungsvoraussetzung.
Abgabetermine
1. Aufgabe: 16.05.2024
2. Aufgabe: 13.06.2024
3. Aufgabe: 11.07.2024
Code-Review; 22.07.-26.07.2024
Prüfungen
Die mündlichen Prüfungen finden vom 06.-08.08.2024 und vom 12.-15.08.2024 statt. Vereinbaren Sie den Termin am 15.07.2024 oder am 16.07.2024 bei Frau Geiß von 8:30 -11:00.
Wiederholungsprüfungen vergangener Semester finden ebenfalls in diesem Zeitraum statt. Vereinbaren Sie den Termin am 15.07.2024 oder am 16.07.2024 bei Frau Geiß von 8:30 -11:00. Nicht angemeldete Wiederholungsprüfungen führen zu einem Fehlversuch!
Bitte melden Sie sich bei Frau Geiß persönlich an. Frau Geiß ist vormittags im Raum 18 im Erdgeschoss der Robert-Mayer-Str. 11-15 erreichbar.
Die Termine für die nächsten Nachprüfungen liegen im Februar oder März 2025. Das Anmeldeformular für mündliche Prüfungen finden Sie auf der Downloadseite des Prüfungsamtes:
Anmeldeformular mündliche Modulabschlusprüfung
Das Formular bitte ausfüllen und unterschreiben. Mit dem Formular können Sie die Uhrzeit der Prüfung vereinbaren.
Über Änderungen der Uhrzeit der Prüfung werden Sie gegebenfalls per Email informiert. Bis zu sieben Tage vor der Prüfung können Sie sich beim Prüfungsamt wieder abmelden.
AMBI 2023
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Termine Di. (HS 15), Mi. (HS 15), 14:00-15:30 |
Inhalt |
Unterlagen 00_Studienanleitung_InaKoch.pdf |
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Di., 23.04.2024 |
Grundlagen, Naives String-Matching |
01_VL_StringMatching_InaKoch.pdf 02_AP_Laufzeit_InaKoch.pdf |
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Fr., 26.04.2024 |
Rabin-Karp |
01_VL_StringMatching_InaKoch.pdf |
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Di., 30.04.2024 |
Endlicher Automat |
01_VL_StringMatching_InaKoch.pdf |
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Mo., 06.05.2024 |
Knuth-Morris-Pratt |
01_VL_StringMatching_InaKoch.pdf |
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Di., 07.05.2024 |
Boyer-Moore |
01_VL_StringMatching_InaKoch.pdf 03_OP_p762_BoyerMoore.pdf |
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Mi., 08.05.2024 |
Suffix-Bäume (WOTD) |
04_VL_SuffixTrees_InaKoch.pdf |
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Mo., 13.05.2024 |
Suffix-Bäume (Ukkonen) |
05_AP_BucketSort_InaKoch.pdf 05A_GraphenDurchlaufstrategienKoch.pdf |
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Di., 14.05.2024 |
Dynamische Programmierung |
06_VL_DynamicProgramming_InaKoch.pdf 07_OP_NeedlemanWunsch.pdf |
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Mi., 15.05.2024 |
Substitutionsmatrizen Multiple Sequence Alignment, T-COFFEE |
08_VL_SubstitutionMatrices_InaKoch.pdf 09_VL_MultipleSequenceAlignment_InaKoch.pdf 10_VL_T-COFFEE_Notredame.pdf 11_OP_T-coffee_paper.pdf |
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Di., 21.05.2024 |
Clustern: hierarchisch, agglomerativ k-means |
12_VL_Clustering_InaKoch.pdf 13_AP_GO_AlbinKunert.pdf |
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Mi., 22.05.2024 |
Graph-Clustern, Bron-Kerbosch |
12_VL_Clustering_InaKoch.pdf 14_OP_p575_BronKerbosch.pdf |
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Di., 28.05.2024 |
Bron-Kerbosch, Proteinstrukturvergleich |
2_VL_Clustering_InaKoch.pdf 14_OP_p575_BronKerbosch.pdf |
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Mi., 05.06.2024 |
Biclustern |
12_VL_Clustering_InaKoch.pdf 15_OP_Biclustering_SerinVingron.pdf |
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Fr., 07.06.2024 ONLINE |
Petri-Netze - Einführung und Grundstrukturen |
V12_PN_Introduction.pdf 17_AP_KEGG_Heiderich_Krzyzaniak.pdf |
| Di., 18.06.2024 |
Petri-Netze - Kohlenstoffoxydierung, Netzwerkeigenschaften |
V12_PN_Introduction.pdf |
| Mi., 19.06.2024 |
Petri-Netze - Erreichbarkeitsanalyse
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V12_PN_Introduction.pdf |
| Di., 25.06.2024 |
Petri-Netze - Überdeckungsbaum, Invarianten |
V12_PN_Introduction.pdf |
| Mi., 26.06.2024 |
Petri-Netze - Netwerk-Verifikation, Fourier-Motzkin |
V12_PN_Introduction.pdf |
| Mo., 01.07.2024 |
Petri-Netze –MCTS, T-Cluster, Mauritius Maps Saccarose-zu-Stärke-Wg in der Kartoffelknolle Duchenne Muskel- Dystrophie |
V12_PN_Introduction.pdf V13_PN_Applications.pdf |
| Di., 02.07.2024 |
Petri-Netze: Netzwerkzerlegung, Netzwerkreduktion |
V12_PN_Introduction.pdf |
| Mi., 03.07.2024 |
Petri-Netze: Signalwege, Manatee-Invarianten |
V13_PN_Applications.pdf |
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Di., 09.07.2024 |
Petri-Netze |
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Mi., 10.07.2024 |
Petri-Netze |
16_VL_PetriNets_InaKoch.pdf 17_AP_KEGG_Heiderich_Krzyzaniak.pdf |
| Di., 16.07.2024 | Petri-Netze | 16_VL_PetriNets_InaKoch.pdf |
| Mi., 17.07.2024 | Fragestunde | 18_VL_PetriNets_InaKoch.pdf |
Prüfungsthemen:
1) Stringalgorithmen
2) Suffix-Bäume
3) Multiples Sequenzalignment / T-Coffee
4) Dynamische Programmierung, Substitutionsmatrizen
5) Clusteranalyse / Metriken
6) Graphclustern / Biclustern
7) Bron-Kerbosch-Algorithmus / Cliquen
8) Proteinstrukturvergleich mit Bron-Kerbosch
9) Petri-Netze: Erreichbarkeitsanalyse
10) Petri-Netze: Invarianten
11) Petri-Netze: Eigenschaften und Strukturen
12) Signalwege und Manatee-Invarianten
13) Reaktionskinetiken